Впервые клинические симптомы были описаны профессором Гарвардской медицинской школы W. W. Montgomery в 1964 году, однако сам термин «синдром молчащего синуса» был предложен Soparkar et al. лишь в 1994 году.

По данным авторов многих публикаций, в основе развития СМС лежит длительная гиповентиляция пазухи, которая развивается вследствие анатомических нарушений структур остиомеатального комплекса, в частности крючковидного отростка (гипер- или гипоплазия, парадоксальный изгиб), в результате чего при дыхании он действует как клапан и блокирует аэрацию через естественное соустье синуса, что неизменно ведет к хроническому снижению давления в пазухе.

Из-за причин, вызывающих подобные изменения, принято различать первичный и вторичный СМС. Первичный (спонтанный) встречается чаще, возникает обычно в зрелом возрасте. Существует несколько теорий его развития, некоторые из них частично подтверждены, другие представлены в виде гипотез. Вторичный СМС встречается реже, однако его причины более явны: например, хронический риносинусит, травмы лица, ортогнатическое хирургическое лечение, функциональные эндоскопические эндоназальные вмешательства. Независимо от причины СМС, с течением времени гиповентиляция приводит к резорбции газов и секреции, синус заполняется транссудатом, который в дальнейшем преобразуется в густую слизь, развивается вялотекущее хроническое воспаление слизистой оболочки и ателектаз.